1602年，明萬曆三十年。沈有容大破倭寇於東番（臺灣的舊稱），隨行的陳第撰寫〈東番記〉。

1604年，明萬曆三十二年。沈有容諭退荷蘭人於澎湖（諭退韋麻郎碑）。

1617年，明萬曆四十五年。沈有容生擒倭寇馬祖東沙島（董應舉撰大埔石刻）

1623年，明天啟三年。謝弘儀大破紅夷於澎湖。

1624年，明天啟四年。南居益乘船到金門，渡海收復澎湖。顏思齊與鄭芝龍來台開墾。

1625年，明天啟五年。顏思齊逝世，其部屬歸於鄭芝龍統領。

1633年，明崇禎六年。鄭芝龍於金門料羅灣擊敗荷蘭東印度公司。

1639年，明崇禎十二年，鄭芝龍再度擊敗荷蘭九艘大型戰艦，制霸東亞海權。

1645年，清順治二年，鄭芝龍降清，鄭成功接手其軍事力量，隆武帝賜國姓「朱」。

1651年，清順治八年。魯王朱以海移居金門。

1652年，清順治九年，沈光文來臺。

1661年，清順治十八年，鄭成功攻臺。

1662年，清康熙元年，鄭成功逝世於臺南、朱以海逝世於金門。

1663年，清康熙二年，臺南明寧靖王朱術桂府邸建成。

1664年，清康熙三年，清兵攻克金門、廈門，盧若騰卒於澎湖，鄭經撤退入臺。

1666年，清康熙五年，陳永華建「全臺首學」（臺南孔子廟）

1674年，清康熙十三年，鄭經乘三藩之亂之勢反清，命陳永華任東寧總制使，總管台灣政務。

1683年，清康熙二十二年，施琅收復台灣，鄭克塽降清。

1684年，清康熙二十三年，蔣毓英出任清治時期臺灣首任知府。