普濟殿位於臺南市中西區普濟街79號。

本殿創建於明永曆年間，原稱「普濟廟」，為坐南朝北之單殿式建築。傳聞南明寧靖王朱術桂經常遊憩本廟，故而賜名為「普濟殿」。本殿座落於府城西北，臨近五條港地區，自古以來商旅雲集、人文薈萃。盛傳昔日本地區街道四通八達，呈現為「八卦網」狀，本殿正座落於八卦中心，為「蜘蛛結網穴」。台南府城在地形上，恰好有如鳳凰向北飛騰之形狀。以本殿為中心之八卦網，正好網住鳳凰頭部，使其不得展翅去，府城因此得以興盛繁榮。然而近年隨著巷道拓寬、改建，已經失去其原有之街道樣貌了。

南明亡後，康熙二十五年（1686）初次重建落成，方向改為坐北朝南，乾隆十一年（1746）石文耀等人曾發起重修。嘉慶二十二年歲次丁丑（1817）石克纘等人再度發起重修，當時住持僧邇蓮禪師出錢購得本殿右側土地加蓋偏殿，於嘉慶二十四年（1819）落成，奠定本殿往後之一本殿一偏殿的基本規模。此後又於咸豐五年（1855）、同治四年（1865）、光緒九年（1883）、日明治三十二年（1899）、大正十二年（1923）數度重修。日治末期盟軍轟炸，廟前拜亭損毀，民國三十四年光復後，於當年十月中旬經過商議再次發起重修。民國六十三年（1974）又再度重修，民國九十三年重修並重建佛祖廳為座南朝北建築，是為現貌。

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