江蘇常州人，字聞斯，號淇澳。東林人士。萬曆二十三年（1595）中進士第三名，授翰林院編修，但數年後退隱，攻讀村下。萬曆四十一年（1613）任禮部右侍郎，署理尚書，他在任內極力糾正許多違制現象，此等弊端皆因萬曆帝二十年來不理朝政所致。曾數度請假歸里。精研理學，並講學東林書院。
天啟元年（1621）又被擢為禮部尚書。翌年，他首先評論李可灼進「紅丸」，李選侍不早移宮，大學士方從哲在「紅丸案」中應負推薦醫人的責任，遂為宦官所忌。次年託病辭官。後閹黨作《三朝要典》翻紅丸一案，指他為罪魁，將他充軍寧夏。時值崇禎即位，魏忠賢失敗被誅，才獲赦免。
孫慎行之玄孫孫星衍是一位傑出的學者。卒贈太子太保，諡文介。有《玄晏齋集》。
