字酉卿，湖北麻城人。萬曆二十三年（1595）進士。授戶部主事，歷江西左、右布政使，所在勵清操。入為順天府尹。改右副都御史，巡撫山東。盡心荒政，民賴以蘇。盜蔓武定諸州縣，討擒其渠魁。萬曆四十六年（1618），遼東有戰事(薩爾滸之役)，時議海運糧餉一事，他提出詳細的海運線路，熊廷弼稱其「胸中甲兵乃爾」。次年，出任戶部侍郎兼右僉都御史，駐天津督理遼餉。
天啟二年（1622），遷南京刑部尚書。明年召拜户部尚書，未任，以憂歸。魏鐺以之為楊、左黨人，削籍還里。崇禎年間，歷任工部尚書、吏部尚書。崇禎六年（1633），上書論宦官不應輕議朝政，崇禎帝不納。後因推薦郎中王茂學，觸怒崇禎帝，以欺蒙罪被罷斥為民。
與袁中郎、馮夢龍友善
李長庚宦途歷三朝，先後任四部尚書，其學術文藝深得公安派袁宏道(中郎)讚譽，時相討論佛法。並與通俗文學家、戲曲家馮夢龍交遊，萬曆四十年（1612）、泰昌元年（1620），馮夢龍两次應李長庚邀到鄂東講授《春秋》，影響甚大。天啟五年（1625）受馮之請為馮著《麟經指月》作序。
