江蘇常熟人，字恭甫，別號萱臺。曾祖孫耒字取益，號小川，太醫院職。祖七政，字齊之，號三川，所居有西爽樓、清暉館，蓄古彝鼎書畫，客至，觴詠其中。晚年貧甚，皆割去。生二子：孫森、孫林。孫林生朝肅、朝讓二子。
萬曆四十四年（1616）丙辰科進士，授刑部主事。天啟五年十二月，復原任山東右參政管兗州府事孫朝肅仍以參政起用，吏部復御史石三畏疏，以朝肅捍禦妖賊，有功地方也。崇禎元年三月，起補孫朝肅為廣東右參政、廣東按察使、廣東布政使。弟孫朝讓，崇禎四年進士。子孫藩字孝維，號留松。
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