字肅卿，號兩溪，江西南昌人，嘉靖二十三年（1544）進士。曆官南京文選主事、考功郎中、大理寺少卿。嘉靖四十二年為兵部右侍郎，疏請選兵、議將、練兵車、火器諸事，世宗照準。後命兼右僉都禦史，巡撫山西。在晉期間，慾冠守邊，教民耕種及水車之法。隆慶六年（1572），與工部尚書朱衡總理河道，築長堤三百七十裡，僅費銀三萬兩，六十天而工成。又浚高、寶諸河，河患以息。萬恭「強毅敏達，一時稱才臣」。治水三年，成績尤著，而工科給事中吳文佳、南京湖廣道御史陳堂等竟「劾其不職」，萬曆二年（1574）四月初九日罷官，「回籍聽田」。萬曆十九年卒，年七十七。（一說萬曆十六年閏六月二十八日卒）。
